水上太阳能引发环境污染争议。因为担心，如果水库或蓄水池的水面满满覆盖了太阳能电池板，将对水生生态系统产生负面影响。

韩国环境政策评价研究院对2011年~2012年，2013年~2014年分两次在庆南陕川湖大规模设置了太阳能设施进行分析，结果显示，从长期来看，设置该设施并未对水质产生负面影响。

然而，调查存在盲点，实际研究的水库区域只占总水库面积的0.3-0.5％，并且没有长期累积结果。事实上，在日本埼玉川岛水库设置了60%左右的太阳能电池板，大量浮游植物迅速繁殖造成绿潮，引起了争议。

以前的太阳能电池板内含有大量的铅，镉和铬等，人们担心重金属污染，但与过去不同，韩国目前使用的大多数太阳能电池板都是硅太阳能电池。然而，随着全国各地增设小规模太阳能发电设施，中国产低价电池板流入的可能性也继续存在。

更大的问题是随着太阳能的普及，将来会产生大量的废弃电池板。目前每年废弃电池板230吨，预计将在2023年将增长至12690吨，2045年将增加155万3597吨。而韩国目前并没有废弃物处理设施，所有这些设施都被填埋。政府计划到2021年为止，将在忠清北道的镇川建立一个太阳能电池板回收处理中心。





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