就在国民们对杀虫剂鸡蛋的不信扩大之际，政府在全面检查过程中只对部分农家进行标本收集从而产生对检查的信任度的问题。在对安全的信任度并没有恢复的状况下，政府是不是过于心急的想要恢复鸡蛋的流通问题也在指责范围之内。

17日，农林畜产食品部金瑛錄长官在当天的农林畜产食品海洋水产委员会的悬案报告中指出“在全面调查中部分标本出现问题的121个农场正在进行再检查”。

当天在政府紧急实行全面调查的过程中，也有指责表示部分农场的检查样本是作假的。

鸡蛋采集样本过程中，虽然应该由调查要员亲自到农场或者是仓库等地根据收集标准来收集样本用鸡蛋，但是部分是收集农场主提交的鸡蛋来进行的检查。依据现在食品公线等的检查取材原则，调查员应该在农场和仓库至少6处地点收集鸡蛋。但是部分农家的情况，调查员提前要求提供一盘鸡蛋时，农家方面则是将准备好的样本提交上来。意味着不能排除将没有杀虫剂问题的鸡蛋选择性的提交的可能性。

农食品部的相关人员表示“为了预防禽流感，在调查员访问之前提前与农家进行联系进行出入通禁，在这个过程中有可能导致采集到不适当的样本问题”，“不遵守检查要领的农家延长停止发货期限，计划当场进行再检查”。并且讲道“采样人员明确违规的情况将进行严惩”。

农食品部当天违反亲环境认证将没有超过一般允许值的35个农家并非亲环境鸡蛋，而是当做一般鸡蛋的形态让鸡蛋的生产和流通得以继续进行。政府方面以“没有证据”的理由决定不立刻将35个违反认证的农场名单公开和中断流通。





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