新古里核电站5·6号机组中断建设造成的沉没成本引发争议，因为政府分析的金额与在野党推测的金额存在着巨大差异。政府日前公布的沉没成本为2兆6000亿韩元，而在野党则分析沉没成本最大可能已经超过12兆韩元。
9日根据韩国水力原子力公司相关资料，新古里核电站5·6号机组的总事业投入费用为8兆6000亿韩元，其中已经签订设计、建筑等合约的费用为4兆9000亿韩元，已经结算的金额为1兆6000亿韩元（32.7%）。政府考虑已经结算的1兆6000亿韩元以及补偿费等在内的1兆韩元，推算总沉没成本为2兆6000亿韩元。
但是业界内外考虑到各种利息费用与以后的损害备尝诉讼等，预计沉没成本将超过4兆韩元。最近三个月期间已经进行公开讨论的临时中断引起的追加工程费用便已经临近1000亿韩元。
如果将各种补助金中断以及地方税收减少等对地区经济造成的影响考虑在内，损失费用将更多。朴孟雨自由韩国党议员室宣称，新古里核电站5·6号机组建设中断将导致△地区共生援助金执行中断1500亿韩元，△地区建设经济恶化与信访费用损失2700亿韩元，△法庭补助金中断1兆韩元，△地方税收减少2兆2000亿韩元等，额外造成的直接、间接经济损失将超过3兆6200亿韩元。按此计算埋没的社会成本将达到7兆6200亿韩元。而这些费用也将不可避免地要用国民的血汗钱来负担。 按照2015年韩国全体家庭数为1191万1030户计算，平均每户家庭要承担的费用大约为40万韩元。韩国党郑有燮议员室也指出，随着新古里核电站5·6号机组建设中断，如果转换成液化天然气(LNG)与新再生能源，国民负担每年最高将增加4兆6488亿韩元。每户家庭的电价上调额度最大将增加18万韩元。能源经济研究院原子力政策研究室室长卢东硕（音）强调，能源政策的调整需经过长时间检讨与讨论，取得国民共识。“虽然可行与否也是一大问题，但最重要的是首先确定其所带来的经济损失国民能否承受”。
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